Najstarsze zapiski dotyczące istnienia szkoły w pochodzą z 1661r. Nie zachowało się wiele informacji na temat funkcjonowania szkoły w tym okresie. Wiadomo jedynie, że była to szkoła parafialna. W czasach saskich szkoły w Bieganowie prawdopodobnie nie było.
W 1839 r. Gmina Bieganowo przedłożyła Krajowemu Urzędowi Rady Ziemskiej w Poznaniu wniosek o założenie we wsi szkoły.
Budowę rozpoczęto w 1840 roku, a nauka w niej zaczęła się 1 maja 1841 roku. Do obwodu szkolnego należały dzieci z następujących miejscowości: wsi Bieganowo, folwarku Bieczewo, wsi Zieleniec, folwarku Janowo oraz Zdziechanowo. Pierwszym nauczycielem był Józef von Biały, a patronem szkoły został dziedzic Bieganowa, Sergiusz Bronisz.
Po wybuchu II wojny światowej szkoła w Bieganowie została zamknięta. Jednak już 17 lutego 1945 roku, dzięki staraniom nauczyciela Stanisława Mielcarka oraz całej społeczności, szkoła wznowiła swoją działalność. Dzieci kończyły tu edukację na trzeciej klasie, a od czwartej klasy kontynuowały naukę w Szkole Podstawowej Szamarzewie. Kierownik Szkoły Filialnej w Bieganowie, pan Stanisław Mielcarek, z końcem roku szkolnego 1971/72 przeszedł na emeryturę, natomiast z początkiem roku szkolnego 1972/73 nowym kierownikiem został mgr W. Wodniak. W roku szkolnym 1983/84 szkoła przeszła reorganizację na skutek decyzji o powołaniu w Bieganowie szkoły ośmioklasowej. Funkcję dyrektora szkoły objął wówczas mgr Z. Królikowski
17 września 1983 r rozpoczęto budowę nowego, nowoczesnego i przestronnego budynku ośmioklasowej Szkoły Podstawowej w Bieganowie, którą zakończono w sierpniu 1984 roku. 1 września tego roku odbyła się wojewódzka inauguracja pierwszego w tych murach roku szkolnego. 6 grudnia 1986 roku oddano do użytku ostatnią część kompleksu szkolnego – pełnowymiarową salę gimnastyczną, która do dziś pełni funkcję sali środowiskowej dla społeczności całej gminy.
W roku następnym dyrekcja szkoły wszczęła procedury, zmierzające do nadania szkole imienia gen. Zygmunta Berlinga. Pozytywna decyzja Kuratorium Oświaty i Wychowania w Poznaniu została podjęta w czerwcu 1988 roku.
20 maja 1989 roku odbyła się uroczystość nadania szkole Podstawowej w Bieganowie imienia gen. Z. Berlinga. Szkoła uzyskała też prawo do posiadania sztandaru. Tego samego dnia odsłonięta została również tablica pamiątkowa patrona na budynku szkolnym oraz otwarta Izba Pamięci – przemianowana później na Izbę Tradycji Szkoły.
Reforma oświaty spowodowała w roku szkolnym 1999/2000 reorganizację szkoły – powstania Zespołu Szkół w Bieganowie – szkoły podstawowej i gimnazjum. Struktura ta przetrwała tylko dwa lata, bowiem decyzją Rady Gminy Kołaczkowo, mimo sprzeciwu społeczności lokalnej, Zespół Szkół w Bieganowie zlikwidowano.
Od roku 2001/2002 funkcjonowała we wsi sześcioklasowa szkoła podstawowa, a jej absolwenci kontynuowali naukę w jedynym na terenie gminy Gimnazjum im. W. S. Reymonta w Kołaczkowie.
Dnia 1 września 2006 roku stanowisko dyrektora Szkoły Podstawowej w Bieganowie powierzono Pani Małgorzacie Pietrzak. Pan Zbigniew Królikowski przeszedł na emeryturę.
26 października 2014 roku odbywają się uroczystości z okazji 30-lecia szkoły.
W grudniu 2016 r. Sejm przyjął projekt reformy oświaty, który zakładał likwidację gimnazjum i powrót do ośmioletniej szkoły podstawowej i czteroletniego liceum. Od roku szkolnego 2017/2018 szkoła podstawowa w Bieganowie ponownie stała się szkołą ośmioklasową.
W roku szkolnym 2021/2022 obowiązki dyrektora Szkoły w Bieganowie powierzono Pani Annie Zimnej.
